Когда в 1506 году пятидесятичетырехлетний Леонардо был признан в Милан Шарлем д'Амбуазом, французским вице-королем, никаких упоминаний о заданиях со стороны самого д'Амбуаза или Людовика XII уже не было. Оба относились к Леонардо с большим почтением, возможно, они просто считали, что его присутствие украсит миланский двор. Конечно, у них не было ни малейшего желания отослать Леонардо обратно во Флоренцию после трехмесячного срока, оговоренного флорентийским Советом десяти. Когда Совет все же потребовал его возвращения, напомнив, что он должен выполнить обязательства касательно «Битвы при Aнгиари», Людовик сам ответил Совету. Находясь в своей столице по другую сторону Альп, где он готовился к новому набегу на Италию, он вызвал к себе флорентийского посла и сказал: «Напиши Совету, что я желаю извлечь пользу из службы маэстро Леонардо здесь... так как хочу иметь несколько его работ, и проследи, чтобы Совет дозволил ему приступить к выполнению немедленно и повелел оставаться в Милане до тех пор, пока я туда не приеду. Напиши, чтобы это произвело впечатление, сделай это как можно скорее и дай мне взглянуть на письмо». Посол поступил, как ему было приказано, после чего Леонардо был освобожден от обязательств перед Флоренцией и позднее смог даже посетить ее безо всяких препятствий со стороны Совета.

    Французы предоставили Леонардо полную свободу действий. Платили ему хорошо и, очевидно, не предъявляли слишком настойчивых требований. Не считая нескольких случайных поездок, он провел шесть лет в Милане, все больше погружаясь в свои научные исследования. Французский король неопределенно упоминал, что ему хотелось бы иметь от Леонардо «несколько маленьких изображений Богоматери, а также другие работы, по моему настроению, и, наверное, я прикажу ему написать мой портрет». Если даже Леонардо и выполнил какие-то королевские заказы, то от них не осталось и следа. Однажды он предпринял путешествие на север, в Альпы, взбирался на Монте Роза, где сделал записи о свете среди снежных полей и ледников. Временами он работал над прокладкой каналов в Ломбардской долине — некоторые из его великолепных рисунков шлюзов, плотин и движения воды датируются как раз этим периодом, временами брался за кисть, хотя все чаще перекладывал работу на учеников. В годы с 1506-го по 1508-й он нарисовал второй (лондонский) вариант «Мадонны в скалах». И ранней (луврской) картиной на ту же тему.

    Почему Леонардо сделал два варианта этой «Мадонны» — вопрос еще не разрешенный. Согласно общераспространенному мнению, первый он делал по контракту, заключенному с миланским Братством Непорочного Зачатия. По каким-то причинам картина не была принята Братством и перешла в руки французов. Тем не менее Братство заказало художнику другой вариант. Он должен был работать с Амброджи да Предисом - миланским художником, уже сотрудничавшим с Леонардо в свои прежние, бедные годы. По невыясненным причинам Леонардо и да Предис не выполнили заказа, споры и судебные процессы, связанные с этим делом, долго не затихали, только через двадцать пять лет Братство наконец приняло картину.

     Сравнение луврской «Мадонны в скалах» и позднего варианте, ныне хранящегося в Британской Национальной галерее, выявляет глубокие различия между стилем Леонардо времени Кватроченто и Высокого Возрождения. Хотя обе картины приблизительно одинаковы по размеру, фигуры во втором варианте кажутся больше: они как бы придвинулись к зрителю и оттого представляются более значительными и в то же время идеальными. Цвета приглушены, отчего лица и тела на первый взгляд кажутся словно покрытыми мертвенной бледностью. Когда вскоре после второй мировой войны живопись была расчищена, некоторым искусствоведам цвета показались столь тусклыми, что они обвинили Британскую Национальную галерею в том, что она не следила за сохранностью шедевра. Однако расчистка выявила именно то, что сделал Леонардо: все цвета были преднамеренно не подчеркнуты, они как бы полностью утратили свою декоративность и использованы только для того, чтобы выразить идею картины. В ней нашли отражение результаты его долгих размышлений, исследований в области светотени и поисков методов, «как сделать фигуры пластичными». В результате цвет воздействует прежде всего не на зрение, как в раннем варианте, а непосредственно на ум. Композиционные изменения во втором варианте были, скорее всего, сделаны, чтобы удовлетворить Братство: возможно, миланские братья сочли указующий жест луврского ангела слишком загадочным и попросили убрать его. Должно быть, им была неизвестна флорентийская традиция изображения Иоанна Крестителя в детском возрасте, и они потребовали выделить Иоанна с помощью удлиненного креста. Вполне вероятно, что они попросили сделать и нимбы, которые до этого появлялись у Леонардо лишь в самых ранних работах. Леонардо сделал новые эскизы головы ангела, его тела и драпировки. Можно утверждать, что и многие другие детали картины, бесспорно, его. Однако, написав все, что его интересовало, он переложил остальную часть работы на учеников и, возможно, на своего соавтора да Предиса. В конце 1507-го и в начале 1508 года Леонардо провел шесть месяцев во Флоренции, прибыв туда по личному, не очень приятному делу. Он никогда не был в сердечных отношениях со своими сводными братьями. В 1504 году мессэр Пьеро да Винчи умер, не оставив завещания. Младшие сыновья объединились, чтобы лишить Леонардо причитающейся ему доли наследства. А в 1507 году умер дядя Леонардо Франческо. Он оставил завещание, в котором упоминал и своего блистательного племянника. Братья пытались подделать завещание. Леонардо подал на них в суд. Некоторое представление о взаимоотношениях, которые существовали между Леонардо и его родственниками, дает письмо, написанное им одному из братьев. Оно как бы сконцентрировало раздражение, однако у Леонардо, приближающегося к старости, к сожалению, было немало поводов для подобных чувств: он хорошо знал волчьи законы, управляющие этим миром. «Мой дражайший брат, — писал Леонардо, - это послание я отправляю тебе только для того, чтобы сообщить, что некоторое время назад я получил от тебя письмо, из которого узнал, что ты стал наследником; это, вполне понятно, доставило тебе немало удовольствия. Я всегда считал тебя благоразумным человеком, поэтому убежден, постольку научился делать столь же правильные выводы, как и ты с помощью твоего благоразумия, что отдаешь себе отчет в том, что приобрел опасного врага, который будет бороться с тобой со всей яростью до победного конца, каковой может наступить только после твоей смерти». Находясь во Флоренции, занятый судебным поединком (который, кстати, он выиграл), Леонардо делил жилище с талантливым эксцентричным молодым скульптором по имени Джан Шранческо Рустичи. Кроме собаки, кошки и горностая, Рустичи держал в доме дикобраза. Хозяина забавляло, когда дикобраз колол гостям ноги под столом, а те вскрикивали от боли. На обедах в доме Рустичи подавались прекрасно приготовленные кушанья, но вид их вызывал отвращение: казалось, па стол положили рассеченный на части труп. В этом зверинце Леонардо чувствовал себя превосходно. Немало времени он уделял тому, чтобы привести в порядок свои бумаги и рисунки. За много лет их скопилось так много, что он никак не мог их разобрать и однажды понял, что не в силах справиться с этой задачей, и попросил у читателей прощения: «Поэтому, Читатель, не брани меня». Однако его меланхолия была недолгой: он наслаждался обществом Рустичи и, согласно Вазари, немало помогал ему в изготовлении знаменитой группы бронзовых статуй: «Святой Иоанн Креститель, фарисей и левит», которая должна была увенчивать северный вход во флорентийский баптистерий. «Пока Джан Франческо работал над глиняной моделью группы, — пишет Вазари, — он требовал, чтобы к нему никто не подходил близко, кроме Леонардо да Винчи... который вплоть до самой отливки никогда его не покидал». Отливка была осуществлена вскоре после того, как Леонардо покинул Рустичи. Вазари был совершенно прав: многие детали статуй в высшей степени «леонардоподобны», так что некоторые искусствоведы уверены в том, что их вылепил Леонардо, однако этому нет подтверждений.